Une des périodes les plus cruelles de discrimination exercée contre les Chrétiens avait lieu sous le règne de Néron (54-68 apr. J.-C.). Ils étaient accusés de l’incendie de Rome ; ce qui leur a valu sa colère, la torture et la répression. Dans ses chroniques, Tacite accusait Néron d’avoir donné l’ordre de brûler Rome vu qu’il était sanguinaire et avait déjà assassiné son demi-frère, sa mère et sa femme. On disait même que pendant l’incendie il s’est déguisé en violoniste ; et a chanté « la destruction de Troie » sur les ruines de Rome en cendres. Quant à Tertilien, il pensait que la discrimination contre les Chrétiens était occasionnelle : ayant trouvé en eux les boucs émissaires idéaux, Néron a jeté sur eux l’horrible accusation de la destruction de Rome (Ier siècle).

Selon l’Historiae Ecclesiasticae, l’Empereur Decius était le premier à avoir promulgué un décret de discrimination et de répression contre les Chrétiens en 250. Ce décret, exécuté par le gouverneur Emilianus, ordonnait à chacun de professer sa foi et sa croyance aux anciens dieux païens et leur faire des offrandes devant les fonctionnaires responsables. Il voulait également que chaque personne reçoive de ces derniers un certificat attestant de la validité de ce test. Toute personne refusant de s’y plier était condamnée à mort. Des exemples de ces certificats portant le nom latin Libelli ont été découverts sur des papyrus remontant à 249-251.