يحتوي القسم البيزنطي على مجموعة فريدة من القطع التي استخدمت في مختلف جوانب الحياة، وتظهر فيها ملامح الفن القبطي بوضوح، حيث إنه فن شعبي مسيحي محلي خاص بمصر، وهو في جوهره فن ديني يميل إلى الرمزية والبساطة، ويأخذ شخصياته من الكتاب المقدس أو يصوِّر القديسين المحليين المعروفين. ولقد عُرف الفن القبطي بتصوير الأشخاص في بعدين اثنين مع تجاهل البعد الثالث. ويستخدم الفن القبطي أيضًا بعض الأشكال الهندسية في الزخرفة؛ والتي لها مدلول رمزي يرتبط بالعقيدة مثل المثلث الذي يرمز للثالوث القدوس. بالإضافة إلى ذلك اتخذ الفن القبطي بعض الصور الحيوانية مثل السمكة، وكذلك بعض العناصر النباتية كأغصان الكرمة.