متحف آثار مكتبة الإسكندرية هو أول متحف آثار يقام في داخل مكتبة. وجاءت هذه المبادرة من السيدة سوزان مبارك في إحدى زياراتها لموقع المكتبة. ودعت السيدة سوزان مبارك لتشكيل لجنة لإعداد الدراسات اللازمة لتكوين متحف يضم بعض الأعمال التي تم العثور عليها في موقع المكتبة. وتم تشكيل لجنة من الأثريين لإعداد خطة للمتحف .
وتضم مجموعة المتحف عصورًا مختلفة للحضارة المصرية بدءًا من العصر الفرعوني وحتى العصر الإسلامي مرورًا بالحضارة اليونانية التي جاءت إلي مصر مع قدوم الإسكندر الأكبر والتي أعقبتها الحضارة الرومانية ثم القبطية قبل دخول الإسلام إلى مصر. ويضم المتحف حاليَّا بمجموعتيه الدائمة والمؤقتة 1342 قطعة.