Le Musée des Antiquités de la BA est le premier musée au monde se situant dans une bibliothèque qui soit de cette importance. Sa création est due à une idée de Mme Suzanne Moubarak, qui lors d’une de ses visites sur le chantier de la future bibliothèque a mis en place un comité chargé d’effectuer les études nécessaires à la réalisation d’un conservatoire devant abriter les objets découverts pendant la construction. Un comité d’archéologues a ensuite été constitué pour établir ses plans.
Les collections qui y sont présentées illustrent l’histoire de l’Egypte depuis l’époque pharaonique jusqu’à la période islamique, en passant par l’Egypte hellénistique. Elles comptent actuellement 1342 objets, y compris la collection temporaire.