يبدأ العصر الهلّينيستي في مصر بدخول الإسكندر الأكبر البلاد عام 332 ق.م. وقد تولىَّ "بطلميوس الأول" - وهو أحد قادة الجيش - حكم مصر بعد وفاة الإسكندر عام 323 ق.م. وبعد ذلك توالى حكم البطالمة على مصر لمدة تقارب ثلاثمائة عام انتهت بمقتل الملكة "كليوباترا" آخر ملكة بطلمية في أغسطس عام 30 ق.م. بعد هزيمتها هي والقائد "ماركوس أنطونيوس" أمام القائد الروماني "أكتافيوس" والذي قام بضم مصر للإمبراطورية الرومانية عام 31 ق.م. ومنذ ذلك التاريخ حكم الرومان مصر حتى الفتح العربي عام 641. ويعتبر قسم الآثار اليونانية والرومانية بالمتحف من أكبر الأقسام حيث يضم قطعًا أثرية تعكس المفهوم الديني لتلك الفترة بالإضافة إلى القطع المستخدمة في الحياة اليومية.