يعرض قسم الآثار الغارقة بعض القطع الأثرية التي تم انتشالها من قاع الميناء الشرقي بالإسكندرية، ومن خليج أبي قير – حيث كانت تقوم المدن القديمة "ثونيس-هيراكيلون"، و"كانوبس"، و"مينوثيس". وتضم هذه المجموعة – بجانب العملات والحُليّ والأمفورات – مجموعة متفردة من التماثيل وبقايا التماثيل، والتي يظهر فيها التأثير الأجنبي على الفن المصري. ومن هذه النماذج المتميزة نذكر تمثالاً من البازلت الأسود يُعتقد أنه يُصوِّر إحدى الملكات البطلميات والتي قد تكون "أرسينوي الثانية". وقد رأت هذه القطع النور بفضل فريق "فرانك جوديو" الذي يعمل بالتعاون مع المجلس الأعلى للآثار. وكان "جوديو" (الذي يترأس المعهد الأوربي للآثار البحرية) قد بدأ التنقيب البحري في الإسكندرية منذ عام 1992.
أُخذت اللقطة المعروضة على هذه الصفحة في عام 2006 قبل بدء معرض "كنوز مصر الغارقة" (سبتمبر 2006 - سبتمبر 2009) الذي طاف بمدن عديدة حول العالم. وقد اختير أيضًا بعض القطع من مجموعة الآثار الغارقة بمتحف مكتبة الإسكندرية لكي يتم عرضها في معرض "كليوباترا: البحث عن آخر ملكة مصرية" المقام الآن بمعهد فرانكلين بفيلادلفيا في الولايات المتحدة الأمريكية.