La section des « Trésors Engloutis » présente quelques-uns des éléments archéologiques repêchés du Port Est d’Alexandrie et de la baie d’Aboukir, emplacement même du Grand Port d’Alexandrie ainsi que des anciennes cités Thônis-Héracléion et Canope-Est. Autres que les amphores, les pièces de monnaie et les objets de parure précieux, la collection compte des sculptures et des restes de statues faisant allusion à l’influence étrangère sur l’art de l’Egypte ancienne, telle la statue de basalte noire de perfection sans pareille appartenant probablement à Arsinoé II, l’une des reines ptolémaïques. Ces pièces ont vu le jour grâce aux efforts déployés par l’équipe de Franck Goddio ayant travaillé en coopération avec le Conseil Suprême des Antiquités Egyptiennes. Président de l’Institut Européen d’Archéologie Sous-Marine, Franck Goddio a entrepris les fouilles subaquatiques à la ville d’Alexandrie dès 1992.
La photos ci-dessous a été prise en 2006 avant l’inauguration de l’exposition «Trésors Engloutis d’Egypte » (septembre 2006 – septembre 2009), tenue dans plusieurs villes dans le monde. Des pièces archéologiques faisant partie de la collection des monuments immergés de la BA ont été sélectionnées pour être exposées dans l’exposition « Cléopâtre – la Recherche de la Dernière Reine de l’Egypte » qu’héberge l’Institut Franklin, en Philadelphie, aux Etats-Unis.